Finales siglo XX
Comienza una nueva era en el Museo Salzillo
Ya en los años noventa, bajo la dirección de Cristóbal Belda, se llevó a cabo el programa Murcia Restaura, gracias al patrocinio de organismos públicos y de empresas privadas como la Fundación Cajamurcia que posibilitó la restauración completa de las colecciones museográficas.
El Ministerio de Cultura se hizo cargo, a su vez, de las pinturas murales de la iglesia. Grandes exposiciones difundieron internacionalmente la obra de Francisco Salzillo y, del mismo modo, se puso en marcha el proyecto de rehabilitación y renovación arquitectónica que, finalmente, ejecutaría el arquitecto gallego Yago Bonet.
En esta intensa campaña de restauración, Murcia Restaura, fue crucial el patrocinio de la Fundación Cajamurcia, junto a entidades públicas como la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia y su Ayuntamiento. Estos años coincidieron con la dirección al frente del Museo del catedrático de Historia del Arte Cristóbal Belda Navarro.
Entre las exposiciones destacan la del Belén de Salzillo en el Palacio Real de Madrid, en 1998; y la exposición Fantasia Ispanica di Natale en 1999 en el Braccio di Carlomagno en San Pedro del Vaticano de Roma.